微量进样器在使用前要先用丙酮等溶剂洗净使用后立即清洗处理(一般常用下述溶液依次清洗:质量浓度微50g/L的NaOH水溶液、蒸馏水、丙酮、氯仿，最后用真空泵抽干），如发现注射器内有不锈钢氧化物影响正常使用时，可在不锈钢芯子上蘸少量肥皂水塞入注射器内，来回抽拉几次就可去掉，然后再清洗即可；注射器的针尖不宜在高温下工作，更不能用火直接烧，以免针尖退火而失去穿戳能力。以免芯子被样品中高沸点物质玷污而阻塞；高沸点样品在注射器内部冷凝时，不得强行多次来回抽动拉杆，以免因卡住或磨损而造成损坏；
不用时要洗净放入盒内，不要随便玩弄，来回空抽，特别是在将干未干的情况下来回拉动，否则会严重磨损，损坏其气密性，降低准确度。注射器在使用前后要用丙酮等溶剂清洗，当试样中的高沸点物质玷污注射器时，一般可用下列溶液依次清洗，5%氢氧化钠，水溶液，蒸馏水，丙酮，氯仿，最后抽干，不宜用强碱性溶液洗涤。
对于10-100微升的注射器，如果针尖堵塞，宜用直径为0.1mm的细钢丝耐心穿通，不能用火烧的方法，防止针尖退火而失去穿透能力。
用微量进样器液体试样，应先用少量试样洗涤几次或将针头插入试样反复抽排几次，并要稍微多于需要量。如有气泡，将针头向上，将气泡和过量的试样排出，用无棉的纤维纸吸去针头的试样。注意切勿使针头内的试样流失。
如不慎将注射器芯子全部拉出，应根据其结构小心装配。
取气体样品也要纤细地注射器，取样时应将注射器插入有一定压力的试样气体容器中使注射器芯子慢慢自动顶出，直至所需体积以保证取样的正确。
取样后应立即进样，进样时，注射器应与进样口垂直，插到底后迅速注入试样，完成后立即拔出注射器，整个动作应稳当、连贯、迅速。针尖在进样器中的位置，插入的速度，停留的时间和拔出的速度都会进样的重复性。
